無論是發行條件還是審核權力、定價機制以及交易機制等多個方面，科創板都與現有的主板、中小板、創業板有很多不同。
一、發行上市條件更包容——財務指標不是唯一
主板、中小板和創業板的發行上市條件，都只參考財務指標。主板、中小板對盈利的連續性和絕對金額要求比較高，創業板的盈利條件相對寬松，但都是需要企業連續盈利，才可以發行上市。科創板的發行上市條件，包容性就強得多，設計了5套標準，包括市值、營收、經營活動現金流、研發投入和產品的技術優勢等綜合因素。雖然也參考財務指標，但強調持續經營能力，不強調持續盈利能力。尚未盈利或存在累計未彌補虧損的企業，只要核心產品有明顯技術優勢，就可以在科創板發行上市。
二、上市審核及注冊——審核權力轉移給上交所
主板、中小板和創業板都是核準制，由證監會發審委對企業的申報材料進行審核。科創板試行注冊制，由上交所負責發行上市審核，證監會作出準予注冊的決定。
三、定價機制市場化——定價更準確
主板、中小板和創業板，目前的定價機制，都是采用直接定價方式，原則上以靜態市盈率23倍為發行價。科創板全面采用市場化詢價的定價方式。科創板的發行，除了保留主板、中小板和創業板的網上+網下配售機制之外，網下配售對象從原來6類增至7類，引入私募參與網下詢價配售。此外還試行保薦機構跟投機制、鼓勵高管參與戰略配售、引入綠鞋機制等，保證定價機制市場化。
四、交易機制更靈活——價格波動更大
主板、中小板對投資者的資金量沒要求，創業板要求投資者個人證券或資金賬戶在50萬以上。主板、中小板和創業板的交易漲跌幅限制都在10%以內，新股上市首日，有效申報價格限制在發行價格的144%。科創板的交易機制變化很大。首先對投資者個人證券及資金賬戶的門檻是50萬，這一點和創業板相同，有別于主板、中小板的零門檻。其次漲跌幅限制放寬到20%，首發、增發上市的股票，上市后前5個交易日不設漲跌幅限制。第三，增加了盤后固定價格交易，這是主板、中小板和創業板都沒有的。第四，科創板股票自上市首日起就可作為融資融券標的，而主板、中小板和創業板的股票，在融資融券方面有嚴格限制。第五，在交易數量方面，科創板的單筆申報數量是不小于200股，可按1股為單位遞增，限價申報最大不超過10萬股，市價申報最大不超過5萬股。主板、中小板和創業板，單筆申報數量都是100股或其整數倍，申報上限是100萬股。由于漲跌幅的擴大，融資融券的放開，使得科創板股票的波動，將比主板、中小板和創業板大得多。
五、持續監管更嚴格——更容易觸發退市
在公司治理和持續監管方面，科創板的要求要比主板、中小板和創業板嚴格得多。換句話說，科創板企業更容易觸發退市。在退市條件方面，和主板、中小板、創業板一樣，有四套指標：重大違法指標、交易類指標、財務類指標和規范類指標。只要觸發其中一條，就會退市。但科創板的不同點在于：1、取消了暫停上市、恢復上市環節;2、觸及財務類退市指標的公司，第一年實施退市風險警示，第二年仍觸及即退市;3、銜接注冊制安排，不再設置專門的重新上市環節;4、因重大違法強制退市的，不得提出新的發行上市申請，永久退出市場。這也就意味著，如果套用第五套指標(沒有盈利，但主要產品在技術上有重大突破)上市的虧損公司，在上市后只有兩年的時間窗口，如果兩年內不能盈利，就會被退市。
六、允許分拆上市
科創板達到一定規模的上市公司，可以分拆成業務獨立、符合條件的子公司上市。這一條在主板、中小板和創業板還不被允許。
